A Aldeia de São Barnabé foi criada para abrigar parentes e amigos dos índios da aldeia de São Lourenço, que teriam chegado de outras regiões próximas. Tendo em vista que as terras doadas pelos portugueses eram poucas, requereram terras da banda d’além do rio Macacú para constituir uma nova aldeia. Inicialmente foi instalada em terras do Colégio, em Cabuçu, mas foi transferia para a região do Macacu. As terras foram concedidas em 1578 por despacho de Salvador Correia de Sá. Em 1583, os próprios índios solicitaram a confirmação da sesmaria, que lhes foi concedida no mesmo ano em Lisboa. Foi administrada por jesuítas e reunia, além dos índios temiminós, os moromomins, goitacazes, entre outros. É provável que os índios tupiniquins e tupinambás também tenham vivido em São Barnabé, já que haviam se misturado com os temiminós nas aldeias no Espírito Santo. Em 1759, com as reformas pombalinas, São Barnabé tornou-se freguesia e em 1772 foi transformada em vila, tendo sido a única aldeia do Rio de Janeiro a obter esse estatuto. Apesar da aldeia de São Barnabé ter mudado várias vezes de lugar, tendo se estabelecido mais de uma vez em São Lourenço e permanecido por longo tempo em terras do Colégio, seus índios reivindicavam as terras e sua demarcação com base na doação de 1578 e na confirmação de 1583. Embora se tenha pouca informação sobre a supressão da aldeia de São Barnabé, em 1855 há noticias sobre a existência de terrenos e índios aldeados em Itaboraí e Rio Bonito. Entretanto, anos depois (1872), autoridades locais informavam que os índios dessa região existiam em número diminuto, não vivendo mais aldeados.
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